對浮游菌采樣器的校準過程存在兩種方法，分別為對目標采樣時間和目標采樣流量的調節；從而滿足目標總采樣體積的要求。
方法1：將實測流量值輸入采樣器，即實際流量值修正。通過調整采樣時間，即使實測流量比預設流量差很多，仍然保障采樣總體積的準確性。
方法2：通過調節風機功率來調節并達到目標:采樣流量，即目標流量值調節。該方法根據調節步驟又分為硬件調節和軟件調節。
對于普通的大氣采樣器，方法1是合適的，因為它強調累積采樣體積的準確性。但對于浮游菌采樣器，不僅采樣體積是重要的，采樣流量也是重要的，因為它是利用安德森撞擊原理，將空氣中浮游菌撞擊采集到瓊脂上進行培養計數的。
由于這種收集跟微粒的大小和撞擊速度有關，而和采樣時間無關。因此，如果采樣流量發生大的偏差(一般偏小)，即使方法1得到的最終采樣體積是準確的，但由于撞擊速度不夠，只有大微粒被捕集，而小微粒被漏掉，測量結果不準確，可能會造成大的損失。
一般來說，負載能力強的采樣器，可直接與傳統氣體采樣器流量校驗裝置連接和檢測。低負載浮游菌采樣器，只能利用基于葉輪風速計或羅茨流量計原理的校準裝置進行檢測，兩種裝置各有利弊。
